故事發(fā)生在東京八丈島近海，這里建成了一座連接了全球各地警方監(jiān)控攝像的海洋設(shè)施“太平洋浮標(biāo)”。在這座設(shè)施正式啟動之前，為了與歐洲刑警組織管轄的范圍聯(lián)網(wǎng)，世界各國的IT工程師來到現(xiàn)場。而與此同時，一項應(yīng)用了人臉識別系統(tǒng)的“新技術(shù)”的測試也在進(jìn)行中……另一方面，柯南和少年偵探團在園子的招待下來到八丈島賞鯨。此時，柯南接到來自沖矢昂（赤井秀一）的電話，被告知歐洲刑警組織的成員在德國遭到琴酒的殺害。為調(diào)查真相，柯南偷偷混進(jìn)了前往“太平洋浮標(biāo)”進(jìn)行警備工作的黑田兵衛(wèi)等警視廳人員乘坐的警備艇中，進(jìn)入設(shè)施內(nèi)部。之后，在為系統(tǒng)啟動而穩(wěn)步展開準(zhǔn)備工作的設(shè)施內(nèi)，發(fā)生了案件——一名女性工程遭到黑衣組織的綁架，而她手中裝有某些情報的U盤也落到了黑衣組織的手里。海中傳來令人毛骨悚然的螺旋槳聲。而此時身在八丈島的灰原哀身邊，也正有黑影在悄悄靠近……